یکی از انتقاداتی که به تلگرام می‌شود، این است که ورود به آن وابسته به یک پیامک است.
در برخی از اخبار مغرضانه آمده «امروزه در بسیاری کشورهای دنیا شماره­ تلفن­‌های برخط صرفا جهت ارسال و دریافت پیامک به‌وسیله‌ اینترنت ارایه می­‌شوند. اکثرا این شماره­‌ها به‌صورت اشتراکی هستند و معمولا برای چند ماه خریداری می­‌شوند و پس از سپری شدن مدت‌زمان خریداری‌شده، شماره‌ موردنظر غیرفعال شده و در صورت نیاز به فرد دیگری اجاره داده می­‌شود»
در حالی که اولا در ایران چنین خط‌هایی نداریم ثانیا کسی که می‌داند فلان خط تلفن یا موبایل فقط برای مدت محدودی (مثلا یک ماه) در اختیار وی است، هیچ‌وقت از آن شماره موقت برای امری غیرمقطعی استفاده نمی‌کند مثلا آن شماره را برای دریافت پیامک وایز/برداشت حساب بانکی استفاده نمی‌کند. لذا این اشکال وارد نیست.
اما افرادی که دغدغه حریم خصوصی را دارند، انتقاد دیگری به تلگرام وارد می‌کنند و می‌گویند: «ورود به تلگرام فقط نیاز به یک پیامک دارد که با توجه دسترسی مقامات بالادستی! به پیامک‌ها، این امکان وجود دارد که آنها بتوانند به یک شماره خاص Login کنند»
این دغدغه در ابتدا وارد به نظر می‌رسید و این پاسخ که «تلگرام در صورت ورود از مکانی دیگر به شما اطلاع رسانی خواهد کرد» نیز پاسخی کافی نبود. اما تلگرام با اضافه کردن ورود دو مرحله‌ای این مشکل را به طور کامل برطرف کرد. به عبارت دیگر در صورتی که امنیت برای شما مهم است، می‌توانید رمز ورود را فعال کنید تا علاوه بر پیامک حاوی کد، یک رمز هم از کاربر پرسیده شود. با این تمهید نگرانی فوق به صورت کامل از بین می‌رود و شما نگران شنود پیامک توسط دیگران یا حتی دزدیده شدن موبایل‌تان نیستید.